Супербактерии — микроорганизмы, не реагирущие на антибиотики. Что это значит? Болезни, которые раньше лечились за несколько дней, теперь становятся опаснее. Каждый год от таких инфекций умирают миллионы людей, и к 2050 году число жертв может вырасти до десяти млн в год. Проблема в том, что новые лекарства создаются медленно и стоят все дороже, а бактерии мутируют быстрее, чем фармацевтика успевает на них реагировать.

В этой ситуации на помощь приходят бактериофаги, или фаги, — вирусы, которые естественным образом уничтожают «суперов», не затрагивая клетки человека. А еще в этом помогают технологии. Так, ИИ позволил создать совершенно новые варианты вирусов, которые могут преодолевать даже искусственно выведенную устойчивость. Сегодня предлагаю разобрать, как работает этот механизм и какие вызовы стоят перед методами, сочетающими биологию с машинным обучением.

Супербактерии: эволюция угрозы и пределы традиционной терапии

Бактерии действительно вырабатывают устойчивость к антибиотикам, и «привычные» микробы вдруг становятся опасными. Например, Escherichia coli, которая обычно живет в кишечнике и помогает пищеварению, в больничных условиях быстро мутирует и может вызывать воспаления, на которые пенициллин и цефалоспорины уже не действуют. В чем тут проблема? Устойчивость микроорганизмов к лекарственным препаратам усиливается из-за частого применения антибиотиков — не только в медицине, но и в животноводстве, где их добавляют для профилактики и ускорения роста скота. Остатки таких препаратов попадают в почву и воду, создавая среду, где выживают и распространяются «суперы».

Постепенно антибиотики стали терять эффективность именно из-за этого. На протяжении десятилетий естественный отбор помогал выживать бактериям с защитными механизмами — например, с белковыми насосами, которые выводят антибиотик из клетки, или с ферментами, разрушающими β-лактамные препараты. Если ничего не изменится, к 2050 году устойчивые инфекции начнут приносить мировой экономике убытки до нескольких триллионов долларов в год из-за роста расходов на лечение и потерь ВВП. Новые лекарства создавать все сложнее и дороже: путь от лаборатории до аптеки занимает годы, а устойчивость у бактерий появляется за месяцы. Поэтому все больше внимания привлекают биологические методы. Они используют естественных врагов, таких как вирусы-бактериофаги, действующие точечно, а не «ковровой бомбардировкой», как антибиотики.

Новая стратегия не означает полный отказ от лекарств — скорее, их сочетание с другими средствами, которые сама природа вырабатывала миллионы лет. Такие методы помогают бороться с инфекциями, не нарушая баланс полезных микроорганизмов в организме. Использование бактериофагов может уменьшить нагрузку на микробиом и сохранить естественную защиту, а лечение станет более точным — подбираемым под конкретный штамм бактерий, а не по одной универсальной схеме.

Бактериофаги: механизм действия и путь от прошлого к настоящему

Бактериофаги — вирусы, которые заражают только бактерии. Они прикрепляются к клетке, вводят внутрь свою ДНК и используют ресурсы микроорганизма, чтобы создавать новые копии себя. Когда вирусов становится слишком много, клетка разрушается, и новые фаги выходят наружу, заражая другие организмы. Этот процесс называется лизисом. Например, ΦX174 из семейства Microviridae инфицирует E. coli и действует именно так, не причиняя вреда клеткам человека.

Идею использовать такой механизм подали Феликс д’Эрелль и Георгий Элиава в начале XX века. Тогда они экспериментировали с ними против тифа или холеры, наблюдая быстрое снижение симптомов у пациентов. Но с триумфом сульфаниламидов и пенициллина в 1940-х фаготерапия потеряла популярность на Западе. Во многом из-за особенностей хранения: вирусы требуют холодильника и точного подбора фагов для каждого пациента. А еще — отсутствия стандартизации, в то время как химия казалась универсальной.

В Тбилиси, в Институте бактериофагов, микробиологии и вирусологии имени Георгия Элиава, а также в польском Институте Хиршфельда во Вроцлаве применяют бактериофаги для лечения устойчивых инфекций — например, ожоговых ран, вызванных Pseudomonas. То есть в случаях, когда обычные антибиотики уже не справляются.

Современные лаборатории переходят от поиска фагов в природе к конструированию их в пробирке. Специалисты собирают геномы из нуклеотидов и правят участки, чтобы вирусы стали стабильнее или могли атаковать больше штаммов. Коктейли из разных фагов уже исследуют в клинических испытаниях — например, для лечения легочных инфекций у больных с муковисцидозом. 

Искусственный интеллект в разработке фагов: от генерации к валидации

ИИ помог ученым сгенерировать новые фаги. Специальные модели (Evo и Evo2), обученные на огромной базе последовательностей, собрали примерно 300 вариантов фага по образцу ΦX174; после синтеза и тестов в лаборатории 16 дизайнов оказались жизнеспособными и убивали E. coli даже быстрее исходного фага. В экспериментах «коктейли» из таких ИИ-солдат смогли преодолеть устойчивость у нескольких штаммов.

Главной особенностью метода стала настройка запросов к нейросети: ученые формулировали их так, чтобы система создавала как можно больше разнообразных вариантов фага — с отличиями до 392 аминокислот от известных аналогов. Но при этом сохраняла их способность заражать те же бактерии и размножаться с прежней скоростью. В одном из полученных вирусов ИИ включил белок от другого фага, G4, и это подтвердили с помощью криоэлектронной микроскопии. Люди не смогли бы сделать такое обычными методами редактирования. 

В лабораторных испытаниях новые фаги показали лучшие результаты: они быстрее уничтожали колонии E. coli, а их комбинации преодолевали устойчивость трех штаммов всего за несколько поколений. Для сравнения: исходный фаг ΦX174 в этих условиях оказался неэффективен. Такой подход основан на компьютерном моделировании эволюции: ИИ заранее оценивает, какие мутации сработают еще до того, как вирус будет создан в лаборатории. Это сокращает сроки и затраты — с месяцев до нескольких недель.

Подход можно расширить и на другие виды фагов — не только маленькие микровирусы, но и более крупные, которые поражают, например, Pseudomonas aeruginosa в дыхательных путях или Xanthomonas в растениях. Такие вирусы способны защищать урожай без применения химических средств. 

Совмещение машинного обучения с синтетической биологией позволяет создавать целые библиотеки фагов, готовых к использованию при новых вспышках инфекций. А технологии вроде CRISPR дают возможность быстро изменять их прямо в лаборатории, делая лечение более гибким и точным.

Перспективы фаготерапии и потенциальные опасности

Фаготерапия, дополненная алгоритмами ИИ, открывает путь к более точной медицине: инфекции можно будет диагностировать и лечить с учетом конкретного возбудителя, избегая лишних побочных эффектов. Вирусы размножаются только там, где есть чувствительные бактерии, поэтому их действие ограничено очагом инфекции. Уже сейчас такие фаговые коктейли проходят испытания. Они снижают потребность в антибиотиках, продлевая срок их эффективности, и применяются, например, в ветеринарии против сальмонеллеза у птицы, что уменьшает риск передачи устойчивых бактерий человеку. В перспективе подобные технологии можно использовать для профилактики в больницах — подбирать фаги под местные штаммы или сочетать их с вакцинами, усиливая защиту организма.

Но вместе с возможностями появляются и риски. Синтетические фаги могут вести себя непредсказуемо, влияя на полезные бактерии и микробиом, поэтому нужны долгосрочные исследования. К тому же открытые ИИ-модели вроде Evo могут использоваться без должного контроля — от случайных ошибок до умышленных экспериментов с патогенами. Поэтому ученые и регуляторы обсуждают этические и правовые рамки, включая мониторинг синтеза ДНК и ограничение доступа к данным. Преимущества все же перевешивают: технологии позволяют действовать на опережение и уменьшить зависимость медицины от антибиотиков.